MicroRNA芯片检测

     MicroRNA（miRNA）是一类内生的、长度约20-24个核苷酸的小RNA,是发夹结构的约70-90个碱基大小的单链RNA前体经过Dicer酶加工后生成。其在细胞内具有多种重要的调节作用。每个miRNA可以有多个靶基因，而几个miRNAs也可以调节同一个基因。这种复杂的调节网络既可以通过一个miRNA来调控多个基因的表达，也可以通过几个miRNAs的组合来精细调控某个基因的表达。随着miRNA调控基因表达的研究的逐步深入，将帮助我们理解高等真核生物的基因组的复杂性和复杂的基因表达调控网络。

Agilent miRNA芯片产品

提供agilent 人miRNA芯片服务： 
1、Agilent Human miRNA芯片18.0版本   
    芯片格式8*60k，数据来源于Sanger miRBase release 18.0，覆盖1887条人的miRNA，目前没有商品化芯片，需要定制。
2、Agilent Human miRNA芯片16.0版本
    芯片格式8*60k，数据来源于Sanger miRBase release 16.0，覆盖1205条人的miRNA，142条人病毒miRNA。 

提供agilent 小鼠miRNA芯片服务：
1、Agilent Mouse miRNA芯片18.0版本
    芯片格式8*60k，数据来源于Sanger miRBase release 18.0，覆盖1122个小鼠相关miRNA以及57个小鼠病毒相关miRNA。
2、Agilent Mouse miRNA芯片17.0版本
    芯片格式8*60k，数据来源于Sanger miRBase release 17.0，覆盖1079个小鼠相关miRNA以及57个小鼠病毒相关miRNA。
3、Agilent Mouse miRNA芯片16.0版本
    芯片格式8*60k，数据来源于Sanger miRBase release 16.0，覆盖1023个小鼠相关miRNA以及57个小鼠病毒相关miRNA。
4、Agilent Mouse miRNA芯片12.0版本
    芯片格式8*15k，数据来源于Sanger miRBase release 12.0，覆盖611个小鼠相关miRNA以及39个小鼠病毒相关miRNA。

提供agilent 大鼠miRNA芯片服务：
1、Agilent Rat miRNA芯片16.0版本
    芯片格式8*15k，数据来源于Sanger miRBase release 16.0，覆盖677个大鼠相关miRNA。
2、Agilent Rat miRNA芯片15.0版本
    芯片格式8*15k，数据来源于Sanger miRBase release 15.0，覆盖387个小鼠相关miRNA。

其他物种miRNA定制芯片服务
    对于Sanger数据库里的miRNA （Sanger miRBase 最新版本），我们可以根据您的需求，自由组合，定制8×15K的miRNA芯片。
备注：agilent miRNA芯片探针序列来源可以与Sanger miRBASE同步更新，购买时请注意版本号。

数据分析策略：
原始数据预处理及均一化
    首先对原始数据进行信号值去除背景预处理，然后进行中值均一化。
差异microRNA筛选
    采用统计学方法进行差异microRNA的筛选，一般比值大于2且t-test p<0.05的被认为是差异表达microRNA。
层次聚类分析
    为了全面的直观的展示样品之间的关系及差异情况，将差异表达microRNA做Hierarchical cluster分析。
MicroRNA的家族、基因座分类
    有一些MicroRNA在基因组中成簇（cluster）分布。这些microRNA同步转录。由于转录后成熟过程的调节各异，因此成簇的microRNA成熟体的表达量略有不同。通过对成簇microRNA的分析，可以在cluster 的水平考察microRNA的差异表达情况。
差异microRNA靶基因预测
    MicroRNA结合在靶基因的3’UTR，下调靶基因（主要是蛋白水平）。我们自己开发了基于targetscan预测算法平台，可以对一些网上数据库没有提供预测信息的物种的 microRNA靶基因进行预测服务。或是已有物种的非3’UTR(如5’UTR)区域进行预测。
    差异microRNA靶基因预测详情见microRNA分析服务中microRNA靶基因预测。
差异microRNA转录因子结合位点分析
    该项目用于研究MicroRNA的自我调控机制。对于差异表达microRNA，一般提取转录起始位点上游4500bp，下游500bp，通过PWM等算法来寻找转录因子的结合位点。
差异microRNA与靶基因、转录因子网络构建
    我们通过整合microRNA与靶基因之间的调控，转录因子对microRNA基因的调控，构建调控网络。
靶基因Gene Ontology分析
    我们将靶基因（分为上调microRNA的靶基因和下调microRNA的靶基因两个基因集）向gene ontology数据库的各节点映射。计算每个节点的基因数目。
靶基因pathway分析
    我们将靶基因基因使用GenMAPP v2.1向KEGGpathway数据库映射，并统计基因在每个pathway中的富集程度（enrichment p-value）。
差异microRNA调解效应评分分析
    同时结合microRNA芯片数据和cDNA表达谱芯片数据进行microRNA的调解效应评分分析（RE-scores）。

【服务流程】

【威斯腾生物服务项目】

【本平台合作项目】

分子生物学、细胞生物学、病理染色检测、细胞敲除/敲入、模式与转基因动物、SPF动物保种、免疫学检测、影像学检测、原代培养、细胞药筛、CRISPR/Cas9基因编辑、基因芯片、高通量测序、蛋白组学、代谢组学、高通量高内涵筛选、药效学评价、药理毒理学实验、慢病毒包装与稳转株建立、siRNA与纳米载药、ChIP、Co-IP、生物信息学分析、知识产权服务！

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