宏转录组测序

一、转录组测序介绍：

宏转录组（Metatranscriptome）测序是指从整体水平上研究某一特定环境，特定时期群体生命全部基因组转录情况以及转录调控规律的研究手段，它以生态环境中的全部RNA为研究对象，避开了微生物分离培养困难的问题，能有效的扩展微生物资源的利用空间。相较于宏基因组，宏转录组能从转录水平研究复杂微生物群落变化，能更好的挖掘潜在的新基因。

二、转录组测序优势：

短周期，高通量，全分析，已广泛应用于肠道内容物、土壤、水体等研究中。

三、转录测序操作步骤：

1、研究对象的选取；

2、提取RNA，RNA量≥2.5ug;

3、文库构建；

4、PE150测序（5-10Gb）;

5、信息分析，分析内容包含De novo拼接、物种注释及分类、功能注释（KEGG，eggNOG,CAZY）,Nr数据库比对，GO富集，KEGG富集，多样品比较分析等。

四、微生物样本的制备（土壤、水体样本制备）：

（1）普通土壤样本：根据研究目的确定采样范围，取样器具要事先消毒灭菌处理。采样时应去除表面浮土，使用乙醇火烧的铲子挖取地下5~500px的土层，去除可见杂质后，土壤过2mm筛网。每个样品从3个或以上采样点采集并混合，去除杂质后，每5~10g分为一份，保存于无菌离心管中，置于0℃以下运回实验室，用于抽提DNA。如不能马上实验，置于-80℃保存。

（2）水体样本：根据研究目的确定采样深度和范围，采集好的水样需要通过滤膜进行过滤，可以根据水样的浑浊程度选择相应孔径的滤膜，之后置于-80℃保存备用。

清亮水样：可选择小孔径的滤膜，一般选0.22μm 或0.45μm 的滤膜，过滤水样体积大于10L；

浑浊水样：过滤前静置分离悬浮颗粒，也可以用大孔径的滤膜预过滤一遍，再用小孔径的滤膜进行过滤。

【服务流程】

【威斯腾生物服务项目】

【本平台合作项目】

分子生物学、细胞生物学、病理染色检测、细胞敲除/敲入、模式与转基因动物、SPF动物保种、免疫学检测、影像学检测、原代培养、细胞药筛、CRISPR/Cas9基因编辑、基因芯片、高通量测序、蛋白组学、代谢组学、高通量高内涵筛选、药效学评价、药理毒理学实验、慢病毒包装与稳转株建立、siRNA与纳米载药、ChIP、Co-IP、生物信息学分析、知识产权服务！

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